In de 12e eeuw bouwde graaf Hendrik van Dale een burcht aan de Regge, op de plaats van het huidige Huis te Diepenheim. Deze burcht had een met palissaden omheinde “voorburcht”. In opdracht van gravin Regenwice, “een vroom en devoot mens van goede daden”, werd binnen deze voorburcht een kleine slotkapel gebouwd, “een leemen huseken”. Dat was het begin van wat later de Johanneskerk zou worden.
In de toenmalige kerkelijke hiërarchie viel de slotkapel onder de parochie Markelo. De stichting van de zelfstandige parochie Diepenheim geschiedde door de tussenkomst van slotkapelaan Wilhelmus onder de Utrechtse bisschop Otto van der Lippe. In 1224 werd de slotkapel door de bisschop van Utrecht gewijd tot zelfstandige parochiekerk. In een oorkonde werd o.a. de omvang van de nieuwe parochie beschreven: kinderdoop, biecht en begrafenissen mochten voortaan “ewichlig en erfflick” in Diepenheim plaatsvinden. Wilhelmus werd de eerste pastor.
Als gevolg van het toenemende aantal inwoners werd het kerkgebouw twee keer vergroot en uitgebouwd tot een gotische kerk. In het jaar 1300 werd de kerk gewijd aan de evangelist Johannes, Johannes de Doper en Maria. Vanaf die tijd heet de kerk “Johanneskerk”.
In de reformatietijd (16e eeuw) was Arnold Lowers hier pastor. Zoals andere Twentse pastors werd hij in 1601 voor de klassikale vergadering in Oldenzaal gedaagd om te verklaren of hij met de reformatie mee wilde doen. Hoewel hij niet verscheen, baatte hem dat niet. Enige weken later werd hij te Deventer voor de classis geroepen. Hier verklaarde hij zonder omwegen katholiek te willen blijven. Het gevolg was dat hij, evenals zijn ambtgenoot te Markelo J. Hardenak, onmiddellijk zijn pastorie moest verlaten.
De klokkentoren werd in de 15e eeuw toegevoegd. Hij had meerdere functies. Door de hoogte was het een goede uitkijkpost. Maar de klokken hadden ook een functie in de communicatie. Het luiden van de klokken gebeurt op vaste tijden. Elk tijdstip heeft zijn eigen betekenis (zie “betekenis van de klokken”).
In het 1672 is de oorspronkelijke gotische kerk zwaar beschadigd, vermoedelijk door toedoen van de troepen van bisschop Bernard van Galen van Munster (“Bommen Berend”). In 1677 stortte de kerk geheel in. Waarom is nog de vraag. Misschien ook t.g.v. bezetting van deze gewesten. De toren bleef gespaard.
Dankzij de financiële steun van “Ridderschap en Steden van Overijssel” is het eenvoudige huidige kerkgebouw verrezen en ingewijd in 1679. Tevens schonken zij enkele ramen met daarin gebrand de wapenschilden, namen en kwaliteiten van de Borgmannen die hadden bijgedragen aan de opbouw van de kerk. Een opvallend verschil met de oorspronkelijke gotische kerk is dat het “koor” ontbreekt. In de protestantse eredienst heeft dit geen functie en het werd dus ook niet herbouwd. Deze gebrandschilderde ramen zijn later geplaatst in de hal van Huis te Diepenheim.
De kerk is in 1974-1975 uitgebreid gerestaureerd. Bij de opgravingen zijn o.a. restanten gevonden van het koor in de gotische kerk, tussen de kerk en de pastorie. Ook werden de oude zwerfkeien en kloostermoppen waarop de kerk rust blootgelegd. Al met al heeft deze restauratie heel wat belangstelling gewekt voor de geschiedenis van dit oude gebouw.
Markelo en Diepenheim behoren thans tot de weinige plaatsen in Twente waar geen katholieke parochie heeft bestaan. De katholieke leden uit genoemde plaatsen zijn kerkelijk ingedeeld bij de Heilige Geest parochie in Goor.
De betekenis van de klokken:
In de wintertijd: van maandag tot en met vrijdag om 08.00 uur de kleine klok en om 12.00 uur
de middenklok.
In de zomertijd: van maandag tot en met vrijdag om 08.00 uur de kleine klok, om 12.00 uur de middenklok en om 19.00 uur weer de kleine klok.
Deze uren hebben hoogst waarschijnlijk te maken met de oorspronkelijke werktijden op de landgoederen.
Elke zaterdag: het hele jaar door om 08.00 uur de kleine klok en om 12.00 uur de middenklok. Om 16.00 uur worden de kleine en de middenklok geluid. Hiermee werd in het verleden het einde van de werkweek op de landgoederen aangegeven.
Elke zondag: Iedere zondagmorgen, vóór de aanvang van de eredienst om 10.00 uur, worden de mensen door het luiden van de kleine en de middenklok uitgenodigd om de dienst bij te wonen.
Kerstnacht: Vanaf de tijd dat ds. Knottnerus predikant in Diepenheim was (1971 – 1980), wordt op verzoek van het kerkkoor de kleine en de middenklok geluid om middernacht na de kerstnachtdienst. Eén keer is dat niet gebeurd omdat de toenmalige predikant dat niet passend vond. Er volgden protesten vanuit de gemeente, waarna de traditie werd hersteld.
Oudejaarsavond: Vanaf oudejaarsnacht 1949 – 1950 worden van 23.58 uur tot 0.03 uur alle drie nieuwe klokken geluid door de burgerlijke gemeente. Vroeger stond voor de klokkenluider een klein flesje jenever klaar als genoegdoening voor zijn “droge” oudejaarsavond.
Grote klok, ook wel dodenklok genoemd, geluid door de burgerlijke gemeente.
Bij het overlijden van een inwoner van binnen de bebouwde kom van Diepenheim wordt de volgende dag om 09.00 uur gedurende vijftien minuten geluid met de grote klok. Bij het overlijden van iemand van buiten de bebouwde kom wordt er om 10.00 uur geluid. Zolang ze niet weten wie de overledene is hebben de mensen het dan over een “binnendoojen” of een “boetendoojen”.
Begrafenis: Voor de aanvang van de uitvaartdienst, een “groove van oet de karke”, worden de kleine en de middenklok door de koster geluid totdat de kist onder de toren is. Als de dienst is afgelopen en de kist naar buiten wordt gedragen, begint de grote klok te luiden op het moment dat de kist weer onder de toren is. De dode wordt “overluid” tot hij of zij op het kerkhof is aangekomen. De klok luidt ongeveer vijftien minuten.
Dit gebeurt ook als iemand niet wordt begraven maar van de kerk weg wordt gereden naar het crematorium. Wordt iemand vanuit de Molenaarshof begraven, dan wordt deze alleen “overluid” door de grote klok, vanaf het moment, dat de stoet op weg gaat naar de begraafplaats of het crematorium.